На территории Южно-Казахстанской области функционируют 60 местных религиозных объединений, входящих в состав 11 конфессий. В их числе 18 - православных; 39- протестантских, по одному - представители католицизма, иудаизма и бахаи.
Кроме того, осуществляют деятельность 795 филиалов, из которых 792 - исламского направления - это филиалы Духовного управления мусульман Казахстана (ДУМК) – мечети, и три филиала неисламского направления.
По данным областного департамента внутренних дел здесь осуществляют религиозную деятельность 15 миссионеров христианско-протестантской направленности, католической и исламской, которые прошли официальную регистрацию.
За их работой со стороны государства ведется контроль, чтобы все они работали в рамках законов Казахстана, правда непосредственно в их работу государство не вмешивается. Потому что как сказал глава государства Н. Назарбаев, "государство не должно вмешиваться во внутренние дела религиозных общин. Мы должны свято придерживаться принципа свободы совести, традиций толерантности и веротерпимости... Наша Конституция гарантирует свободу вероисповедания, это – факт. Однако, как известно, безграничной свободы не бывает, это – хаос. Все должно быть в рамках Конституции и законов". Правда, в нынешних условиях, когда весь мир борется с международным терроризмом и религиозным экстремизмом, в Южно-Казахстанской области, как и по всей республике, активизировали профилактическую работу по противодействию терроризму и экстремизму. Свои усилия объединили полицейские, теологи, неправительственные организации и областное управление по делам религии.
В области созданы информационно-разъяснительные группы, которые только в 2016 году провели 2276 встреч с населением и охватили работой свыше 221 тысячи человек. В частности, областные группы провели 474 встречи и охватили профилактикой более 86 тысяч человек. Остальные - городские и районные. Во время этих встреч целевым группам - студентам, школьникам, трудовым коллективам рассказали об опасности нетрадиционных религиозных течений и сект, в чем заключается их деструктивная деятельность, чем чревато влияние на молодежь радикальных идей.
Информационно-разъяснительная работа проводится и посредством средств массовой информации. На областном, городских, районных телеканалах открыты и продолжают деятельность 10 телепрограмм на религиозную тему. С начала года на 7 телеканалах области на религиозную тему вышли более пятисот программ и сюжетов, на радио «Казахстан-Шымкент» 40 программ.
Кроме того, на религиозную тематику выпущено больше тысячи газетных статей. А в целях противодействия сайтам, распространяющим взгляды религиозного экстремизма и терроризма, на интернет-сайте www.center-uko.kz ГКП «Центр исследования религиозных проблем» для стабилизации религиозной ситуации постоянно публикуются материалы о мероприятиях по противодействию терроризму и экстремизму, размещают видеоролики про ИГИЛ и программу «Біз Құранды білеміз бе?».